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Ähnlich erging es den offenen Gemeinschaften der Brüder und Schwestern des freien Geistes im 13. und 14. Jahrhundert, die durch die kirchliche Ausmerzung beinahe in Vergessenheit geraten sind. Sie waren überzeugt, dass jeder Mensch das Licht Gottes in sich trägt, welches er selbst durch das Beschreiten eines mystischen, inneren Weges in sich erwecken kann. An eine angeblich notwenige Heilsvermittlung durch Priester glaubten sie nicht und sie fühlten sich auch sonst an keine kirchliche Autorität gebunden. Die in mehreren Ländern Europas verbreiteten Brüder und Schwestern vom freien Geist waren bis ins 15. Jahrhundert hinein Verfolgungen ausgesetzt - zuletzt 1458 in Mainz. Auch den Mystiker, der unter dem Namen Meister Eckhart bekannt wurde, er lebte von 1260 - 1328, hat man häretische Überzeugungen in der Art der Brüder und Schwestern des freien Geistes verdächtigt und einem langwierigem Inquisitionsprozess unterzogen. Ankläger war Kardinal Fournier, der spätere Papst Benedikt XII.. Eckhart starb vor dem Abschluß des Inquisitionsverfahrens. Papst Johannes der XXII. verurteilte einige seiner Aussagen als Irrlehren und verbot die Verbreitung der sie enthaltenen Werke. Auf die spätmittelalterliche Spiritualität im deutschen und niederländischen Raum hatte Eckharts Gedankengut dennoch beträchtlichen Einfluss.

Der Aufstieg der Seele ist ein Prozess, der sich in sieben Etappen oder Stufen vollzieht, welche Margareta als ''sieben Seinsweisen im edlen Sein'' bezeichnet. Auf der fünften Stufe erlangt die Seele die Freiheit. Margareta betonte, dass es zwischen der freien Seele und Gott keine Vermittlung braucht, da sie nun unmittelbar in Verbindung stehen. Die freie Seele hat sich dann zwar innerlich von allem was geschaffen ist gelöst, doch bedeutet das keine äußere Abwendung von der Welt. Obwohl Margareta ihre Kirchenkritik zurückhaltend äußerte, hielt sie ganz offenkundig nicht viel von den Priestern und ihrem Absolutheitsanspruch. Als sie sich auch noch weigerte, einer Vorladung der Inquisition Folge zu leisten, wurde sie verhaftet. Nachdem sie schon anderthalb Jahre eingekerkert war, lehnte sie es auch im Inquisitionsverfahren ab, sich vor den Vertretern der Priesterkaste zu rechtfertigen oder zu verteidigen. Die Untersuchungskommission befand daraufhin die Angeklagte der Häresie schuldig und verurteilte sie zum Tode. Als Grund der Hinrichtung wurden theologische Irrtümer, insbesondere hinsichtlich der Eucharistie genannt. Am Pfingstsonntag des Jahres 1310 wurde das Todesurteil verkündet; am Pfingstmontag wurde Margareta auf der Place du Grève in Paris auf dem Scheiterhaufen bei lebendigem Leib verbrannt. Der Generalinquisitor ordnete die Vernichtung aller Exemplare ihres Buches ''Spiegel der einfachen Seelen'' an und verbot seinen Besitz unter Strafe der Exkommnikation.